सी-किट जीन उत्परिवर्तन परीक्षणः कैसे एक्सोन 9 और एक्सोन 11 वेरिएंट किट रिसेप्टर को लॉक करते हैं

अवलोकन

सी-किट उत्परिवर्तन परीक्षण इसलिए होता है क्योंकि एक एकल रिसेप्टर स्थायी रूप से चालू हो सकता है। यह लेख परीक्षण का एक जानबूझकर यांत्रिक दृष्टिकोण लेता हैःकिट प्रोटीन क्या करता है जबकि इसकी नियंत्रण मशीनरी बरकरार है, कौन से कोडिंग क्षेत्र उस नियंत्रण को तोड़ते हैं, और एक संस्करण की सटीक स्थिति प्रयोगशाला रिपोर्ट को पढ़ने के तरीके को क्यों बदलती है।

यह कैसे काम करता है

KIT एक प्रकार III रिसेप्टर टायरोसिन किनेज है. यह सामान्य रूप से शांत रहता है जब तक कि स्टेम सेल कारक अपने बाह्य भाग को बांधता है,दो रिसेप्टर अणुओं को एक साथ खींचना ताकि उनके आंतरिक किनेज़ डोमेन एक दूसरे को फॉस्फोराइलेट कर सकें और एक संकेत को अंदर तक पारित कर सकेंएक्सोन 11 द्वारा एन्कोड किया गया जुक्टामेम्ब्रेन खंड एक अंतर्निहित ब्रेक की तरह व्यवहार करता है, जो किनेज़ को एक आत्म-निषिद्ध आकार में रखने के लिए वापस मोड़ता है। एक्सोन 11 के अंदर हटाने या सम्मिलन उस ब्रेक को विकृत करते हैं,तो जोड़तोड़ और phosphorylation किसी भी लिगैंड मौजूद के बिना आगे बढ़नाएक्सोन 9 बाह्यकोशिकीय युग्मन अंतरफलक के एक भाग को एन्कोड करता है, और वहां डुप्लिकेशंस लिगैंड-अस्तित्व वाले आकार की नकल करते हैं।एक्सोन 13 और 17 में स्थित वेरिएंट एटीपी जेब और सक्रियण लूप के पास आते हैंयह परीक्षण ट्यूमर डीएनए से इन क्षेत्रों को बढ़ाता है और उन्हें अनुक्रमित करता है, इसलिए तैयार रिपोर्ट केवल एक उत्परिवर्तन का नाम नहीं लेती है, बल्कि संरचनात्मक तत्व जो विफल हो गया है।

संकेत

ट्यूमर ऊतक पर परीक्षण की मांग की जाती है जहां किट-संचालित घाव का संदेह होता है, सबसे अधिक बार गैस्ट्रोइंटेस्टाइनल स्ट्रॉमल ट्यूमर, और यह एक परिभाषित एक्सोन में इसे स्थानीयकृत करते हुए आणविक चालक की पुष्टि करता है।क्योंकि अलग-अलग एक्सोन रिसेप्टर के अलग-अलग हिस्सों को परेशान करते हैं, एक्सॉन स्तर पर संकल्प एक साधारण सकारात्मक या नकारात्मक कॉल के बजाय सार्थक आउटपुट है।

विनिर्देश और रिपोर्टिंग

इनपुट सामग्री आमतौर पर फॉर्मलिन-फिक्स्ड पैराफिन-इम्बेडेड ब्लॉक या पर्याप्त व्यवहार्य सेलुलरता ले जाने वाले ताजे ट्यूमर ऊतक होती है। प्रयोगशालाएं जीनोमिक डीएनए निकालती हैं, एक्सोन 9, 11, 13 और 17 को बढ़ाती हैं,फिर एक्सोन के साथ मानक एचजीवीएस नामकरण में निष्कर्षों की रिपोर्ट करें, पूर्वानुमानित प्रोटीन परिवर्तन और वैरिएंट एलील अंश।एक पूर्ण रिपोर्ट में पता लगाने की सीमा भी बताई जाती है और ऐसे मामलों को चिह्नित किया जाता है जहां ट्यूमर की मात्रा आत्मविश्वासपूर्ण नकारात्मक निष्कर्ष का समर्थन करने के लिए बहुत कम थी।.

भंडारण और आपूर्ति

पैराफिन ब्लॉक नियंत्रित कमरे के तापमान पर स्थिर रहते हैं, जबकि निकाले गए डीएनए को दोहराए गए रन पर विखंडन को सीमित करने के लिए -20°C या उससे कम पर रखा जाता है।कई अस्पतालों में परीक्षण की व्यवस्था करने वाले खरीदारों को स्वीकृत नमूना प्रारूपों की पुष्टि करनी चाहिए, ब्लॉक आयु सीमाएं और क्या अवशिष्ट सामग्री वापस आ जाती है। निर्धारण समय वह चर है जो सबसे अधिक बार अनुक्रमण गुणवत्ता को बर्बाद करता है,इसलिए यह व्यक्तिगत संग्रह स्थलों को छोड़ने के बजाय नमूना हैंडलिंग समझौते के भीतर आता है.

अक्सर पूछे जाने वाले प्रश्न

प्रश्न: किस किट एक्सोन को एक तंत्र संबंधी रिपोर्ट में शामिल किया जाना चाहिए और एक्सोन की स्थिति क्यों मायने रखती है?एक्सोन 9, 11, 13 और 17 अलग-अलग संरचनात्मक तत्वों पर मैप करते हैंः युग्मन इंटरफ़ेस, जुक्टामेम्ब्रेन ब्रेक, एटीपी जेब और सक्रियण लूप।एक्सोन का नामकरण पाठक को बताता है कि कौन सा नियंत्रण तंत्र टूट गया है, एक साधारण सकारात्मक परिणाम जानकारी नहीं ले जा सकता है।

प्रश्न: प्रयोगशाला एक वास्तविक सक्रियण चालक को एक आकस्मिक संस्करण से कैसे अलग करती है?व्याख्या में एक विशेषता सक्रिय करने वाले हॉटस्पॉट के भीतर वैरिएंट स्थान, अनुमानित ट्यूमर सामग्री के सापेक्ष इसके एलील अंश और प्रकाशित कार्यात्मक साक्ष्य शामिल हैं।वर्णित क्षेत्रों के बाहर के वेरिएंटों को आमतौर पर सक्रिय करने के बजाय अनिश्चित के रूप में रिपोर्ट किया जाता है.

प्रश्न: किस नमूने की स्थिति में किट डीएनए को क्रमबद्ध करने के लिए सबसे अच्छा संरक्षित किया जाता है?संक्षिप्त, नियंत्रित फॉर्मेलिन निर्धारण के बाद त्वरित पैराफिन एम्बेडिंग प्रवर्धनीय टुकड़ों को संरक्षित करती है।लम्बे समय तक स्थिर रहने से डीएनए खराब हो जाता है और अनजान लोगों के लिए यह अधिक संभव हो जाता है.